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2016.11.24 辰山科研人員在殼斗科植物轉錄組研究中取得進展

上海辰山植物園(中科院上海辰山植物科學研究中心)植物系統與進化研究組在殼斗科植物轉錄組研究中取得進展,該研究成果于10月12日在線發表于林學著名期刊Tree genetics & genomes上,論文題目為“De novo transcriptome assembly and development of SSR markers of oaks Quercus austrocochinchinensis and Q. kerrii (Fagaceae)”(“殼斗科櫟屬植物越南青岡和毛葉青岡的轉錄組從頭組裝及微衛星標記的開發”)。  

該研究對越南青岡和毛葉青岡的轉錄組進行測定,利用比較基因組分析方法,尋找越南青岡中特有SNP用于引物開發。該研究將從越南青岡和毛葉青岡新葉、老葉、根和莖所提取的RNA混合,利用Illumina Miseq sequencing platform測序,分別獲得各14,247,444 / 12,900,500條序列讀長。在兩個種中分別獲得了79,312 / 81,921個contigs(越南青岡/毛葉青岡)。Ka/Ks分析發現 24 個基因,這些基因大部分與生物合成和生長相關。在兩個種成功開發出了5,196 / 5,021對引物。從29,893對預測直系同源基因中,獲取了215個SSR 位點,其中102對引物能很好擴增出清晰和適合的條帶。研究發現有18個位點具有極高的多態性,適合用于群體遺傳學研究。10個位點具有較高的Fst值或是正選擇值可用于雜交研究。最后,該研究利用已有基因組序列的夏櫟Quercus robur和板栗Castanea mollissima,進行模擬PCR評估SSR引物的通用性。這項研究為研究櫟屬青岡亞屬和櫟亞屬植物的群體遺傳學研究提供了分子工具。該論文的第一作者為安淼博士,通訊作者為鄧敏研究員。





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